将蛋白质生物标志物分析与单细胞水平的全基因组表达谱相结合时，可以提供比以往更深入的科学见解。尽管CITE-Seq（转录组和表位的细胞标签测序）已得到广泛采用，但仍需对实现该组合的技术进行标准化和简化，以帮助克服其中的一些挑战，例如在进行整个CITE-Seq检测之前，缺少检测抗体结合以报告生物标志物表达的质量检查。

单细胞多组学方案通常包括使用荧光激活细胞分选（FACS）特异性分离出感兴趣细胞群，然后使用该细胞群同时进行基因（RNA-Seq）和蛋白质表达（CITE-Seq）的单细胞测序。在该方案中，需要使用与用于流式细胞术分析及分选的荧光染料和用于CITE-Seq的寡核苷酸偶联的抗体对细胞进行共染色。这意味着，除了前面提到的寡核苷酸偶联抗体结合不确定的问题外，该程序还存在抗体竞争和最终损害报告信号强度的风险。

Shi等人在近期的一份出版物中解决了这些问题，并提供了一个易于使用的工作流程，即使用一组与用于CITE-Seq检测的特异性抗体衍生标签（ADT）互补的精选荧光染料-寡核苷酸偶联物。该策略称为流式代理分析测定，因为它可以在单细胞捕获、文库制备和测序工作流程之前使用流式细胞术确认ADT与细胞的结合。作为原理验证，作者将该方法应用于单一ADT标志物检测到10个标志物多重检测方法的不同实验场景，同时评价多个生物标志物。作者还证明，该策略适用于依次使用染料-寡核苷酸偶联物的5个标志物panel、荧光激活细胞分选和CITE-Seq对自然杀伤（NK）细胞和T细胞进行选择性分选。