BD Rhapsody™ TCR/BCR 分析检测

在单细胞RNA和蛋白质分析的同时，详细分析T细胞和B细胞的克隆型。

概述

在单细胞水平上分析T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）的配对链信息是探测淋巴恶性肿瘤、感染性疾病、自身免疫性疾病和肿瘤免疫学中T细胞和B细胞多样性和功能的有力工具。BD Biosciences的TCR和BCR分析工具帮助您在单细胞水平上分别揭示T细胞和B细胞的克隆多样性和功能。

BD Rhapsody™ TCR/BCR全长多组学检测方案

BD Rhapsody™ TCR/BCR多组学检测帮助您检测分析T细胞和B细胞受体的全长VDJ序列，同时评估相同细胞的转录组表达和蛋白表达。该检测可为您提供单细胞多组学需求的一站式服务。

BD Rhapsody™ TCR/BCR完整的多组学优化和验证

· 支持全长TCR和BCR序列分析的试剂和pipeline

· 与全转录组和靶向mRNA检测相兼容

· 与BD^®AbSeq蛋白组检测、BD多样本检测相兼容

· 采用更灵敏的Enhanced磁珠(EB)进行细胞及基因捕获

特征

已经使用我们的增强型细胞捕获磁珠、BD^®AbSeq抗体和BD®单细胞多样本检测试剂盒（SMK）对BD Rhapsody™ TCR/BCR多组学检测试剂盒进行了充分验证。对您的细胞进行转录组、蛋白质组和全长TCR/BCR库分析，包括gamma/delta T细胞。

应用案例

在同一次实验中，结合BD已有的靶向mRNA或WTA检测以及蛋白分析和多样本检测，对T细胞和B细胞受体进行分析

在以下概述的实验中，一个样本为静息PBMC细胞，并与BD^®AbSeq人免疫检测组合（包含30种抗体）及 4种 BD^®AbSeq抗体进行孵育；另一个样本为来自不同供体的富集T细胞，与BD^®AbSeq panel（包含15种抗体）进行孵育；之后将两个样本进行混合，并在BD Rhapsody™ 平台进行单细胞分析，最终获得实验数据。下图以PBMC样本的最终数据结果为例：

步骤1：

结合蛋白和基因表达数据，生成tSNE图，并通过AbSeq识别各细胞群

步骤2：

对特定细胞亚群，进行不同克隆型频率的统计与分析.

步骤3：

对特定细胞亚群，进行不同克隆型频率的统计与分析

步骤4：

同时可以在tSNE图上观察最高频率克隆型的细胞分布，如下图Phenograph_2亚群中最高频率克隆型（AVLAEGGKLI, ASSLWGSPLH）的细胞（橙色）

步骤5：

通过AbSeq和WTA表达信息，对最高频率克隆型的细胞与其他细胞群进行差异基因和蛋白表达分析

步骤6：

从BD生信pipeline输出文件中获取细胞ID和链信息

Cell_Index	Chain_Type	CDR3_Translation_Dominant
54044	TCR_Alpha	AVLAEGGKLI
54044	TCR_Beta	ASSLWGSPLH
123296	TCR_Alpha	AVLAEGGKLI
123296	TCR_Beta	ASSLWGSPLH
123563	TCR_Alpha	AVLAEGGKLI
123563	TCR_Beta	ASSLWGSPLH
147961	TCR_Alpha	AVLAEGGKLI
147961	TCR_Beta	ASSLWGSPLH

步骤7：

确定目标克隆型的VDJ和C gene信息（BD生信pipeline输出）

Cell_Index	Chain_Type	V_gene_Dominant	D_gene_Dominant	J_gene_Dominant	C_gene_Dominant	Full_Length	Productive
54044	TCR_Alpha	TRAV20^*01		TRAJ23^*01	TRAC	TRUE	TRUE
54044	TCR_Beta	TRAV27^*01	TRBD1^*01	TRBJ1-6^*02	TRBC1	TRUE	TRUE
123296	TCR_Alpha	TRAV20^*01		TRAJ23^*01	TRAC	TRUE	TRUE
123296	TCR_Beta	TRAV27^*01	TRBD1^*01	TRBJ1-6^*02	TRBC1	TRUE	TRUE
123563	TCR_Alpha	TRAV20^*01		TRAJ23^*01	TRAC	TRUE	TRUE
123563	TCR_Beta	TRAV27^*01	TRBD1^*01	TRBJ1-6^*02	TRBC1	TRUE	TRUE
147961	TCR_Alpha	TRAV20^*01		TRAJ23^*01	TRAC	TRUE	TRUE
147961	TCR_Beta	TRAV27^*01	TRBD1^*01	TRBJ1-6^*02	TRBC1	TRUE	TRUE

步骤8：

可获得克隆型的全长序列（也可提供核苷酸序列）

Cell_Index	VDG_Translation_Trimmed
54044	EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
54044	EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT
123296	EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
123296	EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT
123563	EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
123563	EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT
147961	EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
147961	EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT

对此处显示的TCR V(D)J α和β链的全长氨基酸序列添加了注释，显示不同颜色的框架和CDR区域。

FR1 CDR1 FR2 CDR2 FR3 CDR3 FR4

TCR_alpha	EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEE KEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
TCR_beta	EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT

Protocols

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length and Targeted mRNA Library Preparation

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, Targeted mRNA, and Sample Tag Library Preparation

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, Targeted mRNA, and BD® AbSeq Library Preparation

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, Targeted mRNA, BD® AbSeq, and Sample Tag Library Preparation

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length and mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA) Library Preparation

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA), and Sample Tag Library Preparation

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA), and BD® AbSeq Library Preparation

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA), BD® AbSeq, and Sample Tag Library Preparation

BD Rhapsody™ VDJ CDR3 Assay

特点

BD Rhapsody™ VDJ CDR3检测法可与BD Rhapsody™靶向试剂盒、BD® AbSeq检测法和BD®单细胞多重检测试剂盒一起使用，为研究提供一定的灵活性。

根据研究需要，这种检测法可用于以下任何组合：

BD Rhapsody™ VDJ CDR3方案 - 利用BD Rhapsody™靶向试剂盒+人免疫反应检测试剂盒*，并支持分析TCR和BCR序列。
BD Rhapsody™ VDJ CDR3+SMK方案 - 利用BD Rhapsody™靶向试剂盒+人免疫反应检测试剂盒*+SMK，支持在单个微孔板中同时处理多个样本。
BD Rhapsody™ VDJ CDR3+BD® AbSeq方案 - 利用BD Rhapsody™靶向试剂盒+人免疫反应检测试剂盒*+BD® AbSeq检测法，支持多组学分析，将TCR和BCR序列分析与同一样本的蛋白质信息相结合。
BD Rhapsody™ VDJ CDR3+BD® AbSeq+SMK方案 - 需要BD Rhapsody™靶向试剂盒+人免疫反应检测试剂盒*+BD® AbSeq检测法+SMK，支持在单个微孔板中对多个靶样本进行多组学分析。

*虽然从技术方面来看，VDJ方案可以与任何靶向检测试剂盒结合使用，但最适用于免疫反应检测试剂盒。为了与我们的CDR3 VDJ检测法有效地结合使用，我们建议在定制检测试剂盒中加入免疫反应检测试标志物。

性能