BD Rhapsody™ Single-Cell Analysis System

강력하고 high-throughput을 가지는 microwell 기반의 single-cell 분리 시스템으로 실험 중 육안으로 QC를 확인할 수 있는 시스템과 함께 사용할 수 있습니다.

개요

BD Rhapsody™ Single-Cell Analysis System 에는 BD Rhapsody™ Scanner 와 BD Rhapsody™ Express Single-Cell Analysis System이 포함되어 있습니다. BD Rhapsody™ Express System은 독보적이고 gentle하며 탄탄한 microwell 기반의 single-cell 분리 기술을 이용하여 single-cell capture 및 게놈 및 단백질 정보를 분석을 위한 수백~수천 개의 single-cell 바코딩을 할 수 있습니다. BD Rhapsody™ Scanner는 single-cell capture workflow의 모든 단계를 관찰하고 모든 단계의 분석 지표를 제공하도록 설계되어 사용자가 전체 workflow에 걸쳐 중요한 의사결정을 할 수 있도록 해줍니다.

BD Rhapsody™ 브로셔 에서 더 많은 정보를 확인해 보세요.

특징

BD Rhapsody™ Express Single-Cell Analysis System은 강력한 microwell 기반의 single-cell 분리 기술을 제공합니다.

Fluidic 펌프가 없는 작은 벤치탑 장비입니다.
Cell이 중력에 의해 microwell에 놓이기 때문에 cell을 부드럽게 처리할 수 있습니다.
각 BD Rhapsody™ Cartridge에는 파티션 개수가 220,000 개를 초과하는 microwell array가 포함됩니다.
BD Rhapsody™ Cartridge 용량은 최대 600 µL입니다. 희석된 cell 현탁액은 소량으로 농축할 필요 없이 cartridge에 직접 로딩 가능합니다.
Microfluidic 채널이 없기 때문에 cell로 인해 채널이 막힐 우려가 적습니다.
Cell이 표면에 부착되는 것을 방지하기 위해 microwell을 특수 처리하고 광범위한 QC를 수행합니다.

BD Rhapsody™ System과 함께 사용되는 안정적인 magnetic barcoded beads는 추후 실험을 위해 보관할 수 있기 때문에 실험 설계에 유연성을 제공합니다.

BD Rhapsody™ Beads는 workflow 전체에 걸쳐 그대로 유지됩니다.
cDNA molecule 이 부착된 beads 상태로 수 개월 동안 보관 가능합니다.
여러 개의 sequencing library생성을 위해beads의 subsampling이 가능합니다.
실험 운영의 효율성을 위해 보관된 beads의 pooling 및 sequencing이 가능합니다.
보관된 beads를 연구 파트너와 쉽게 공유할 수 있습니다.
보관 및 subsampling된 beads는 표준화된 결과를 내며 실험 SOP 만드는 데 도움을 줍니다.

최대 12주까지 보관된 beads에서 획득한 데이터에서 유전자 발현의 높은 상관관계 및 최소한의 batch effect가 관찰되었습니다.

BD Rhapsody™ Single-Cell Analysis System은 중개연구, 다중센터, 다중 코호트 연구에 이상적인 선택입니다.

Microfluidics 없이 부드러운 중력 기반의 single-cell 분리 기술을 이용한 결과의 신뢰성 및 재현성

Technical replicates의 batch effect 최소화
Biological replicates의 batch effect 최소화
Site-to-site variability 최소화
User-to-user variability 최소화
Sample bias 최소화
Batch effect의 보정 없이 대용량 데이터 세트 통합 가능

Technical replicates와 biological replicates 간, 사용자간, 장소간 유전자 발현의 상관관계가 큰 것으로 관찰되었습니다.

BD Rhapsody™ Scanner는 single-cell capture여부를 육안으로 확인할 수 있도록 하며, 모든 단계에서 주요 품질을 평가할 수 있는 지표를 제공합니다.

BD Rhapsody™ Scanner의 특징

BD Rhapsody™ Cartridge 의 광학적으로 투명한 window를 통해 cartridge 와 microwell의 육안점검을 가능하게 합니다.
cell 전처리 품질 분석을 위해 cartridge direct imaging을 통한 cell capture rate 및 cell multiplet rates 등 품질관리 수치들을 제공합니다. 품질관리 지표는 workflow 오류발생 여부를 표시하여 여러분이 sequencing 진행 여부를 결정할 수 있도록 도와줍니다.
문제 해결에 유용하게 사용되며 sequencing을 통해 retrieve될 것으로 예상되는 cell 수 추정이 가능합니다.

Analysis

Number of wells with viable cells at cell load 9118

Cell multiplet rate at cell load 2.4%

Number of wells with viable cells and a bead 7999

Cell multiplet rate 2.0%

Bead loading efficiency

PASS

Cell retention rate

PASS

Bead retrieval efficiency

PASS

Excess bead rate

PASS

성능

BD Rhapsody™ Single Cell Analysis System은 신뢰할 수 있고 재현 가능한 결과를 제공하여 중개연구에 이상적입니다.

다른 시스템에 비해 다양한 cell유형으로 우수한 cell capture rate와 낮은 multiplet rate를 자랑합니다.

모든 mRNA 와 단백질 marker의 강력한 상관관계를 바탕으로 cartridge 간 유사한 T-cell population을 식별했습니다.

Biological replicates에서도 동등한 데이터를 얻을 수 있었습니다.

Subsampling된 beads에서도 동등한 데이터가 관찰됐습니다.

WTA에서 회수된 각 cell 유형의 유사한 비율 및 subsampled beads의 targeted 분석

응용분야

BD Rhapsody™ Single-Cell Analysis System은 표면 단백질과 mRNA 발현을 동시에 측정하여 regulatory T-cell의 subset을 분명하게 식별할 수 있도록 합니다.

CD45RA와 HLA-DR로 분류된 Treg 샘플의 manual gating과 bivariate 분석을 바탕으로 도출된 세 개의 주요 Treg subset에 대해 differential gene expression과 differential protein expression analysis를 실시했습니다. BD Rhapsody™ Targeted Human Immune Response Panel (399개 유전자)를 이용하여 differential gene expression 분석을 수행했습니다. 위의 heat map에서 upregulated 유전자(>1.25X)를 표시했습니다. BD^® AbSeq Oligo-Conjugated Antibodies를 이용하여 22개 differential protein expression 을 동시에 수행했습니다.

BD Rhapsody™ Single-Cell Analysis System은 exhausted T-cell의 심층 특성분석에 사용할 수 있습니다.

CD8+ T-cell의 chronic simulation에서14일째 상당히 upregulated된 12개 단백질 및 유전자의 발현 모습입니다. Marker의 발현 수준에 따라 두 집단(red와 green box)가 나타났습니다. CD38, CD39, CD94에서 co-expression pattern이 관찰되었습니다.