개요
T 세포 수용체(TCR)와 B 세포 수용체(BCR)의 정보를 단일 세포 수준에서 분석하는 것은 악성 림프종, 전염병, 자가면역 질환, 종양 면역학 분야에서 T 세포와 B 세포의 다양성과 기능을 탐구할 수 있는 강력한 도구가 됩니다. BD Biosciences의 TCR 및 BCR 프로파일링 도구는 T 세포와 B 세포의 클론 다양성 및 기능을 단일 세포 수준에서 밝히는 데에 도움을 줍니다.
BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay
The BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay 는 TCR과 BCR의 full length VDJ 시퀀스를 조립하는 한편 동일한 세포의 전사 및 단백질 발현을 평가할 수 있도록 도와줍니다. 이 분석법은 단일 세포 다중오믹스(multiomics) 분석을 가능하게 하는 원스톱 서비스의 역할을 할 수 있습니다.
BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay에는 다음이 포함됩니다.
- 완전한 다중오믹스 최적화와 검증
- Full length TCR 및 BCR 시퀀스 조립을 위한 시약 및 파이프라인
- WTA 및 targeted mRNA 분석법과의 호환성
- 민감한 분자 검출을 위한 향상된 세포 포획 비드
BD Rhapsody™ VDJ CDR3 프로토콜 및 V1 비즈
BD Rhapsody™ VDJ CDR3 프로토콜은 기존의 BD Rhapsody™ Targeted Kits와 Human/ Mouse프라이머 패널을 사용하며 BD® AbSeq Assay and BD® Single-Cell Multiplexing Kit (SMK)와 함께 사용할 수 있도록 구성되어 있습니다. 분석 시행에 필요한 개별 시약에 관한 상세한 정보는 각 프로토콜에 포함되어 있습니다. 또한 CDR3 프로토콜을 이용해 생성된 시퀀싱 데이터를 분석할 수 있는 전용 바이오인포매틱스 파이프라인도 준비되어 있습니다.
TCR 및 BCR 프로파일링을 위한 BD Rhapsody™ VDJ CDR3 Assay에는 다음이 포함됩니다.
- 검증된 프라이머 시퀀스
- BD Rhapsody™ Single-Cell Analysis System을 이용한 TCR 및 BCR의 Human 또는 Mouse
- CDR3 영역 분석을 위한 상세한 단계별 프로토콜
BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay
특장점
BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay는 새롭게 개선된 세포 캡쳐 비즈, BD® AbSeq 항체 및 BD® Single-Cell Multiplexing Kit (SMK)를 통해 완전한 검증이 이루어진 제품입니다. 단일 세포 다중오믹스 제품을 하나의 소스에서 제공하는 유일한 기업인 BD와 함께 라면 감마/델타 T 세포를 포함해 다양한 세포의 전사, 프로테옴, full length TCR/BCR 레퍼토리를 확실하게 분석할 수 있습니다.
BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay는 항체 염색 없이 mRNA assay 단독으로 실시하거나 다음과 같이 조합하여 시행할 수 있습니다.
특장점
BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay는 새롭게 개선된 세포 캡쳐 비즈, BD® AbSeq 항체 및 BD® Single-Cell Multiplexing Kit (SMK)를 통해 완전한 검증이 이루어진 제품입니다. 단일 세포 다중오믹스 제품을 하나의 소스에서 제공하는 유일한 기업인 BD와 함께 라면 감마/델타 T 세포를 포함해 다양한 세포의 전사, 프로테옴, full length TCR/BCR 레퍼토리를 확실하게 분석할 수 있습니다.
응용분야 [다중오믹스 ]
기존 Targeted 또는 WTA mRNA 분석법 및 단백질 분석, 표본 다중화를 통해 검증된 TCR 및 BCR 프로파일링을 위한 단일 워크플로우
이용해 염색된 resting human PBMCs를 15-plex AbSeq panel을 이용해 염색한 enriched T 세포와 함께 다중화했습니다. 합동 표본은 TCR/BCR 다중오믹스 분석법과 WTA 분석법(Cat. No. 633801)을 이용해 처리했습니다. 다음의 분석 사례는 PBMC 데이터 내에서 T 세포에 대해 실시한 것입니다.
Step 1:
주요 세포 계통이 있는 tSNE plot 파악.
다음 그림에서 CD8 + 세포를 표시, 분석
Step 2:
Unsupervised phenograph 분석을 통해 6개의
CD8 + 아집단 파악
Step 3:
CD8 + 세포의 phenograph 2에서 알파 및 베타
체인의 expanded paired TCR 클론형 파악
Step 4:
tSNE plot에 데이터를 병합하여 expanded paired 클론형이 있는 개별 세포의 위치를 파악
Step 5:
클론형이 가장 빈번히 나타난 세포에 대해 유전자 및 단백질 발현 데이터를 잔여 CD8 + 세포와 비교
Step 7:
바이오인포매틱스 출력 파일에서 해당 세포 라벨의 번역된 V(D)J 유전자 구획을 표로 정리
| Cell_Index | Chain_Type | V_gene_Dominant | D_gene_Dominant | J_gene_Dominant | C_gene_Dominant | Full_Length | Productive |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 54044 | TCR_Alpha | TRAV20*01 | TRAJ23*01 | TRAC | TRUE | TRUE | |
| 54044 | TCR_Beta | TRAV27*01 | TRBD1*01 | TRBJ1-6*02 | TRBC1 | TRUE | TRUE |
| 123296 | TCR_Alpha | TRAV20*01 | TRAJ23*01 | TRAC | TRUE | TRUE | |
| 123296 | TCR_Beta | TRAV27*01 | TRBD1*01 | TRBJ1-6*02 | TRBC1 | TRUE | TRUE |
| 123563 | TCR_Alpha | TRAV20*01 | TRAJ23*01 | TRAC | TRUE | TRUE | |
| 123563 | TCR_Beta | TRAV27*01 | TRBD1*01 | TRBJ1-6*02 | TRBC1 | TRUE | TRUE |
| 147961 | TCR_Alpha | TRAV20*01 | TRAJ23*01 | TRAC | TRUE | TRUE | |
| 147961 | TCR_Beta | TRAV27*01 | TRBD1*01 | TRBJ1-6*02 | TRBC1 | TRUE | TRUE |
Step 8:
V(D)J 알파 및 베타 TCR 체인의 전장 아미노산 시퀀스에는 서로 다른 색상으로 프레임워크와 CDR 영역을 보여주는 주석 표시
| Cell_Index | VDG_Translation_Trimmed |
|---|---|
| 54044 | EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP |
| 54044 | EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT |
| 123296 | EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP |
| 123296 | EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT |
| 123563 | EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP |
| 123563 | EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT |
| 147961 | EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP |
| 147961 | EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT |
V(D)J 알파 및 베타 TCR 체인의 전장 아미노산 시퀀스에는 서로 다른 색상으로 프레임워크와 CDR 영역을 보여주는 주석 표시
| TCR_alpha | EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEE KEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP |
| TCR_beta | EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT |
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Protocols
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length and Targeted mRNA Library Preparation
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, Targeted mRNA, and Sample Tag Library Preparation
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, Targeted mRNA, and BD® AbSeq Library Preparation
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, Targeted mRNA, BD® AbSeq, and Sample Tag Library Preparation
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length and mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA) Library Preparation
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA), and Sample Tag Library Preparation
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA), and BD® AbSeq Library Preparation
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA), BD® AbSeq, and Sample Tag Library Preparation
개요
단일 세포 수준에서 T세포 수용체(TCR) 및 B세포 수용체(BCR)의 쌍을 이룬 αβ chain 정보를 분석하는 것은 림프성 악성종양, 감염성 질환, 자가면역 질환 및 질병에서 T세포 및 B세포의 다양성과 기능을 조사할 수 있는 강력한 도구입니다. BD Biosciences의 TCR 및 BCR 프로파일링 도구는 여러분이 단일 세포 수준에서 T세포 및 B세포 각각의 클론 다양성과 기능을 발견하는데 도움을 줍니다.
TCR 및 BCR 프로파일링을 위한 BD Rhapsody™ VDJ CDR3 Assay에는 다음이 포함됩니다.
- 검증된 primer 시퀀스
- BD Rhapsody™ Single-Cell Analysis System 을 이용한 TCR 및 BCR의 인간 또는 mouse CDR3영역 분석을 위한 상세한 단계별 프로토콜
BD Rhapsody™ VDJ CDR3 프로토콜은 기존의BD Rhapsody™ targeted 키트 및 인간/mouse 면역반응 primer 패널을 활용하며 BD® AbSeq Assay and BD® Single-Cell Multiplexing Kit (SMK)와 함께 사용할 수 있도록 설계되었습니다. 분석을 실행하는 데 필요한 개별 시약 세부 정보는 각 프로토콜에서 확인할 수 있습니다. CDR3 프로토콜을 사용하여 생성 된 시퀀싱 데이터를 분석 할 수있는 전용 생물 정보학 파이프 라인도 사용할 수 있습니다.
특징
BD Rhapsody™ VDJ CDR3 Assay는 BD Rhapsody™ Targeted Kit, BD® AbSeq Assay 및 BD® Single-Cell Multiplexing Kit와 함께 사용하여 여러분의 연구에 유연성을 더해줍니다.
연구 요구사항에 따라 assay를 다음과 같은 조합으로 사용 가능합니다.
- BD Rhapsody™ VDJ CDR3 프로토콜—BD Rhapsody™ Targeted Kit + Human Immune Response Panel*을 이용하면TCR 및 BCR 시퀀스 분석이 가능합니다.
- BD Rhapsody™ VDJ CDR3 + SMK 프로토콜—BD Rhapsody™ Targeted Kit + Human Immune Response Panel* + SMK를 이용하면 단일 카트리지에서 다수의 시료를 함께 처리할 수 있습니다.
- BD Rhapsody™ VDJ CDR3 + BD® AbSeq 프로토콜— BD Rhapsody™ Targeted Kit + Human Immune Response Panel* + BD®AbSeq Assay를 사용하면 동일 시료에 대한 TCR 및 BCR 시퀀스와 단백질 정보 분석을 통합한 멀티오믹스 분석이 가능합니다.
- BD Rhapsody™ VDJ CDR3 + BD® AbSeq + SMK 프로토콜—BD Rhapsody™ Targeted Kit + Human Immune Response Panel* + BD® AbSeq Assay + SMK가 필요하며 이를 통해 단일 카트리지에서 다수의 샘플에 대한 다중 분석이 가능합니다.
*VDJ 프로토콜은 기술적으로 모든 표적 패널에서 작동하지만 면역반응 패널에서 가장 잘 기능합니다. CDR3 VDJ assay와 함께 효과적으로 사용하시려면 커스텀 패널에 면역 반응 패널 메이커를 포함할 것을 권장합니다.
성능
TCR 및 BCR의 CDR3 정보 분석을 위한 강력한 assay
BD Rhapsody ™ VDJ CDR3 프로토콜의 특징은 단백질 분석과 함께 δγ T 세포를 포함한 T 및 B 세포의 뚜렷한 클론형을 검출하는 데 있어 높은 민감도와 특이성을 보인다는 것입니다. 다음 내용은 나란히 정렬됩니다.
TCR 검출에서 높은 민감도와 특이도
CD4+ T 세포에서 쌍을 이룬 TCR의 높은 민감도
CD8+ T 세포에서 쌍을 이룬 TCR의 높은 민감도
BCR, 감마 델타 T세포, 단백질 마커 검출
B세포에서 BCR에 대한 쌍을 이루는 heavy chain 및 light chain 정보를 높은 민감도로 식별
T 세포 집단에서 희귀하고 귀중한 δγ T 세포 식별을 위한 δγT 세포 검출
애플리케이션
면역세포 심층 프로파일링을 수행하기 위한 다중 분석 도구
BD Rhapsody™ VDJ CDR3 프로토콜은 BD® AbSeq Assay 및 BD® Single-Cell Multiplexing Kit와 함께 단백질 및 RNA 정보에 대한 다중 분석을 수행하는데 사용할 수 있습니다.. 여기서 BD Rhapsody ™ VDJ CDR3 프로토콜을 사용하여 바이러스 펩티드에서 T 세포의 프로파일 및 클론형 증폭을 분석했습니다.
연구용입니다. 진단용 또는 치료용 절차로 사용할 수 없습니다.
